·   · 76 Giriş

Transkripsyon

Transkripsiyon

Transkripsiyon, belirli bir DNA segmentinin RNA polimeraz enzimi tarafından RNA'ya (özellikle mRNA) kopyalandığı DNA bazlı gen ekspresyonunun birkaç adımından ilkidir.


Hem DNA hem de RNA, tamamlayıcı bir dil olarak baz nükleotid çiftlerini kullanan nükleik asitlerdir. Transkripsiyon sırasında, bir DNA sekansı, birincil transkript adı verilen tamamlayıcı, antiparalel bir RNA zinciri üreten bir RNA polimeraz tarafından okunur.


Transkripsiyon aşağıdaki genel adımlarla ilerler:


  1. RNA polimeraz, bir veya daha fazla genel transkripsiyon faktörüyle birlikte promoter DNA'ya bağlanır.
  2. RNA polimeraz, DNA sarmalının iki ipliğini ayıran bir transkripsiyon balonu oluşturur. Bu, tamamlayıcı DNA nükleotitleri arasındaki hidrojen bağlarını kırarak yapılır.
  3. RNA polimeraz, RNA nükleotidleri ekler (bir DNA zincirinin nükleotidlerine tamamlayıcıdır).
  4. RNA şeker-fosfat omurgası, bir RNA ipliği oluşturmak için RNA polimerazın yardımıyla oluşur.
  5. RNA-DNA sarmalının hidrojen bağları kopar ve yeni sentezlenen RNA sarmalını serbest bırakır.
  6. Hücrenin bir çekirdeği varsa, RNA daha fazla işlenebilir. Bu, poliadenilasyon, kapatma ve eklemeyi içerebilir.
  7. RNA çekirdekte kalabilir veya nükleer gözenek kompleksi yoluyla sitoplazmaya çıkabilir.


Bir RNA molekülüne kopyalanan DNA parçasına bir transkripsiyon birimi denir ve en az bir geni kodlar. Gen bir proteini kodlarsa, transkripsiyon haberci RNA (mRNA) üretir; mRNA ise translasyon yoluyla proteinin sentezi için bir şablon görevi görür. Alternatif olarak, kopyalanan gen, mikroRNA, ribozomal RNA (rRNA), transfer RNA (tRNA) veya ribozimler adı verilen enzimatik RNA molekülleri gibi kodlayıcı olmayan RNA'yı kodlayabilir. Genel olarak, RNA proteinleri sentezlemeye, düzenlemeye ve işlemeye yardımcı olur; bu nedenle bir hücre içindeki işlevleri yerine getirmede temel bir rol oynar.


Virolojide terim, bir RNA molekülünden mRNA sentezine (yani, RNA replikasyonu) atıfta bulunurken de kullanılabilir. Örneğin, bir negatif duyarlı tek sarmallı RNA (ssRNA -) virüsünün genomu, bir pozitif duyarlı tek sarmallı RNA (ssRNA +) için şablon olabilir [açıklama gerekli]. Bunun nedeni, pozitif duyarlı sarmalın, daha sonra viral replikasyon için viral proteinleri çevirmek için gereken bilgiyi içermesidir. Bu süreç, bir viral RNA replikazı tarafından katalize edilir. 


image_transcoder.php?o=bx_froala_image&h=1064&dpx=2&t=1607253526

MRNA sentezi ve işlemesinin basitleştirilmiş diyagramı. Enzimler gösterilmiyor. 





Arka fon

Bir proteini kodlayan bir DNA transkripsiyon birimi, hem proteine çevrilecek olan bir kodlama dizisini hem de bu proteinin sentezini yöneten ve düzenleyen düzenleyici dizileri içerebilir. Kodlama dizisinden önceki ("yukarı akış") düzenleyici dizi, beş ana çevrilmemiş bölge (5'UTR) olarak adlandırılır; kodlama dizisinden sonraki ("aşağı akış") diziye üç ana çevrilmemiş bölge (3'UTR) denir.


DNA replikasyonunun aksine, transkripsiyon, bir DNA tamamlayıcısında timinin (T) meydana geldiği tüm durumlarda nükleotid urasil (U) içeren bir RNA tamamlayıcısı ile sonuçlanır.


İki DNA zincirinden yalnızca biri, transkripsiyon için bir şablon görevi görür. DNA'nın antisens zinciri, transkripsiyon sırasında (3 '→ 5') 3 'ucundan 5' ucuna kadar RNA polimeraz tarafından okunur. Tamamlayıcı RNA, ters yönde, 5 '→ 3' yönünde oluşturulur ve timin için urasil geçişi haricinde sense iplikçiğinin sekansı ile eşleşir. Bu yönlülük, RNA polimerazın büyüyen mRNA zincirinin sadece 3 'ucuna nükleotidler ekleyebilmesidir. Sadece 3 '→ 5' DNA zincirinin bu kullanımı, DNA replikasyonunda görülen Okazaki fragmanlarına olan ihtiyacı ortadan kaldırır. Bu aynı zamanda, DNA replikasyonunda olduğu gibi, RNA sentezini başlatmak için bir RNA primerine olan ihtiyacı ortadan kaldırır.


Şablon olmayan (duyu) DNA zinciri, kodlama zinciri olarak adlandırılır, çünkü dizisi yeni oluşturulan RNA transkripti ile aynıdır (urasilin timin yerine kullanılması hariç). Bu, bir DNA dizisi sunarken geleneksel olarak kullanılan sarmaldır.


Transkripsiyonun bazı düzeltme mekanizmaları vardır, ancak bunlar, DNA kopyalama kontrollerinden daha az ve daha az etkilidir. Sonuç olarak, transkripsiyon, DNA replikasyonundan daha düşük bir kopyalama doğruluğuna sahiptir. 





Başlıca adımlar


Başlatma

Transkripsiyon, RNA polimerazın, bir veya daha fazla genel transkripsiyon faktörüyle birlikte, bir RNA polimeraz-promotörü "kapalı kompleks" oluşturmak için "promotör" olarak adlandırılan spesifik bir DNA sekansına bağlanmasıyla başlar. "Kapalı kompleks" de, hızlandırıcı DNA hala tamamen çift sarmallıdır.

Bir veya daha fazla genel transkripsiyon faktörünün desteklediği RNA polimeraz, daha sonra bir RNA polimeraz-promoter "açık kompleks" oluşturmak için yaklaşık 14 baz DNA çiftini çözer. "Açık kompleks" de, hızlandırıcı DNA kısmen çözülmüştür ve tek sarmallıdır. Açığa çıkan, tek sarmallı DNA, "transkripsiyon balonu" olarak adlandırılır.

Bir veya daha fazla genel transkripsiyon faktörüyle desteklenen RNA polimeraz, daha sonra transkripsiyon balonunda bir transkripsiyon başlangıç bölgesini seçer, bir başlatıcı NTP'ye ve transkripsiyon başlangıç bölgesi dizisini tamamlayan bir genişleyen NTP'ye (veya bir kısa RNA primer ve bir genişleyen NTP) bağlanır. ve bağ oluşumunu katalize ederek bir başlangıç RNA ürünü verir.

Bakterilerde, RNA polimeraz holoenzimi beş alt birimden oluşur: 2 α alt birimi, 1 β alt birimi, 1 β 'alt birimi ve 1 ω alt birimi. Bakterilerde, sigma faktörü olarak bilinen bir genel RNA transkripsiyon faktörü vardır. RNA polimeraz çekirdek enzimi, RNA polimeraz holoenzimi oluşturmak için bakteriyel genel transkripsiyon (sigma) faktörüne bağlanır ve daha sonra bir destekleyiciye bağlanır. (RNA polimeraz, sigma alt birimi 2 α alt birimi, 1 β alt birimi, yalnızca 1 β 'alt biriminden oluşan çekirdek enzime eklendiğinde holoenzim olarak adlandırılır).

Arkea ve ökaryotlarda, RNA polimeraz, bakterilerdeki beş RNA polimeraz alt biriminin her birine homolog alt birimler içerir ve ayrıca ek alt birimler içerir. Arkeler ve ökaryotlarda, bakteriyel genel transkripsiyon faktörü sigmanın işlevleri, birlikte çalışan çok sayıda genel transkripsiyon faktörü tarafından gerçekleştirilir. Archaea'da üç genel transkripsiyon faktörü vardır: TBP, TFB ve TFE. Ökaryotlarda, RNA polimeraz II'ye bağımlı transkripsiyonda altı genel transkripsiyon faktörü vardır: TFIIA, TFIIB (arkeal TFB'nin bir ortoloğu), TFIID (anahtar alt birim olan TBP'nin arkeal TBP'nin bir ortoloğu olduğu bir çoklu alt birim faktörü) TFIIE (arkeal TFE'nin bir ortoloğu), TFIIF ve TFIIH. TFIID, TBP'nin bağlanması nedeniyle DNA'ya bağlanan ilk bileşendir, TFIIH ise toplanacak son bileşendir. Arkelerde ve ökaryotlarda, RNA polimeraz-promotörü kapalı kompleksine genellikle "ön başlatma kompleksi" adı verilir.

Transkripsiyon başlangıcı, aktivatörler ve baskılayıcılar olarak bilinen ek proteinler ve bazı durumlarda, transkripsiyon başlatma kompleksinin oluşumunu ve işlevini modüle eden ilişkili ortak aktifleştiriciler veya korresörler tarafından düzenlenir. 



Organizatörden kaçış

İlk bağ sentezlendikten sonra, RNA polimeraz promotörden kaçmalıdır. Bu süre zarfında, RNA transkriptini serbest bırakma ve kesilmiş transkriptler üretme eğilimi vardır. Buna abortif başlatma denir ve hem ökaryotlar hem de prokaryotlar için yaygındır. Abortif başlatma, yaklaşık 10 nükleotidlik bir eşik uzunluğuna sahip bir RNA ürünü sentezlenene kadar meydana gelmeye devam eder, bu noktada promoter kaçışı oluşur ve bir transkripsiyon uzama kompleksi oluşur.

Mekanistik olarak, promoter kaçışı, RNA polimeraz holoenzim ile promoter arasındaki etkileşimleri kırmak için gereken enerjiyi sağlayan DNA kırma yoluyla gerçekleşir.

Bakterilerde, geçmişte sigma faktörünün kesinlikle promoter klirensi gerçekleştikten sonra salındığı düşünülüyordu. Bu teori zorunlu salıverme modeli olarak biliniyordu. Bununla birlikte, daha sonraki veriler, promoter temizliği üzerine ve sonrasında sigma faktörünün stokastik salım modeli olarak bilinen stokastik bir modele göre salındığını gösterdi.

Ökaryotlarda, RNA polimeraz II'ye bağımlı bir promoterde, promoter temizliği üzerine, TFIIH, RNA polimeraz II'nin karboksi terminal alanı üzerindeki serin 5'i fosforile ederek, kapama enziminin (CE) görevlendirilmesine yol açar. CE'nin ökaryotlarda promoter klirensini nasıl indüklediğinin kesin mekanizması henüz bilinmemektedir. 





image_transcoder.php?o=bx_froala_image&h=1065&dpx=2&t=1607253726 

Transkripsiyon uzamasının basit diyagramı 



Uzama

DNA'nın bir ipliği, şablon ipliği (veya kodlamayan iplik), RNA sentezi için bir şablon olarak kullanılır. Transkripsiyon ilerledikçe, RNA polimeraz şablon sarmalını geçer ve bir RNA kopyası (geçiş sırasında uzar) oluşturmak için DNA şablonu ile temel eşleştirme tamamlayıcılığını kullanır. RNA polimeraz şablon ipliği 3 '→ 5' den geçmesine rağmen, kodlama (şablon olmayan) ipliği ve yeni oluşan RNA da referans noktaları olarak kullanılabilir, bu nedenle transkripsiyon meydana gelen 5 '→ 3' olarak tanımlanabilir. Bu, kodlama zincirinin tam bir kopyası olan 5 '→ 3' den bir RNA molekülü üretir (timinlerin urasiller ile değiştirilmesi ve nükleotidlerin, DNA'nın deoksiriboz (bir daha az oksijen) içerdiği bir riboz (5-karbon) şekerinden oluşması dışında atom) şeker-fosfat omurgasında).

mRNA transkripsiyonu, tek bir DNA şablonu üzerinde çoklu RNA polimerazları ve çoklu transkripsiyon turlarını (belirli mRNA'nın amplifikasyonu) içerebilir, bu nedenle birçok mRNA molekülü, bir genin tek bir kopyasından hızla üretilebilir. [kaynak belirtilmeli] Prokaryotlarda karakteristik uzama oranları ve ökaryotlar yaklaşık 10-100 nts / sn'dir. Bununla birlikte, ökaryotlarda nükleozomlar, transkripsiyon uzaması sırasında polimerazların transkripsiyonunda ana engeller olarak hareket eder. Bu organizmalarda, nükleozomlar tarafından indüklenen duraklama, TFIIS gibi transkripsiyon uzama faktörleri tarafından düzenlenebilir.

Uzama ayrıca yanlış bir şekilde birleştirilen tabanların yerini alabilecek bir düzeltme okuma mekanizmasını da içerir. Ökaryotlarda bu, uygun RNA düzenleme faktörlerinin bağlanmasına izin veren transkripsiyon sırasında kısa duraklamalara karşılık gelebilir. Bu duraklamalar, RNA polimeraza içsel veya kromatin yapısına bağlı olabilir. 



Sonlandırma

Bakteriler, transkripsiyonun sonlandırılması için iki farklı strateji kullanır - Rho'dan bağımsız sonlandırma ve Rho'ya bağlı sonlandırma. Rho'dan bağımsız transkripsiyon sonlandırmada, RNA transkripsiyonu, yeni sentezlenen RNA molekülü G-C açısından zengin bir saç tokası döngüsü ve ardından bir Us koşusu oluşturduğunda durur. Saç tokası oluştuğunda, mekanik gerilim zayıf rU-dA bağlarını kırar ve şimdi DNA-RNA hibritini doldurur. Bu, poli-U transkriptini RNA polimerazın aktif bölgesinden çekerek transkripsiyonu sonlandırır. "Rho-bağımlı" tip sonlandırmada, "Rho" adı verilen bir protein faktörü, şablon ve mRNA arasındaki etkileşimi kararsız hale getirir, böylece yeni sentezlenen mRNA'yı uzama kompleksinden serbest bırakır.

Ökaryotlarda transkripsiyonun sonlandırılması, bakterilerde olduğundan daha az anlaşılır, ancak poliadenilasyon adı verilen bir süreçte yeni transkriptin bölünmesini ve ardından yeni 3 'ucunda şablondan bağımsız adeninlerin eklenmesini içerir. 





RNA'daki Transkripsiyon Sonrası Değişikliklerde RNA Polimerazın Rolü

RNA polimeraz, RNA'daki transkripsiyon sonrası değişiklikler dahil olmak üzere tüm adımlarda çok önemli bir rol oynar. 

image_transcoder.php?o=bx_froala_image&h=1066&dpx=2&t=1607253906

Resim, CTD'nin RNA'daki diğer değişiklikler için nasıl protein taşıdığını gösteriyor 





image_transcoder.php?o=bx_froala_image&h=1067&dpx=2&t=1607253978

RNA polimerazın transkripsiyon sırasında, özellikle CTD (C Terminal Alanı) sırasında farklı faktörler ve DNA ile etkileşime girdiğini gösteren görüntü 






İnhibitörler

Transkripsiyon inhibitörleri, örneğin patojenik bakterilere (antibakteriyeller) ve mantarlara (antifungaller) karşı antibiyotik olarak kullanılabilir. Böyle bir antibakteriyelin bir örneği, beta alt birimine bağlanarak DNA'ya bağımlı RNA polimerazı inhibe ederek DNA'nın mRNA'ya bakteriyel transkripsiyonunu inhibe eden rifampisindir, 8-hidroksikinolin ise bir antifungal transkripsiyon inhibitörüdür. Histon metilasyonunun etkileri, transkripsiyonun etkisini inhibe etmek için de işe yarayabilir. Genel transkripsiyon faktörü TFIIH'nin XPB alt biriminin inhibisyonu yoluyla memeli transkripsiyonunu inhibe eden triptolit gibi güçlü, biyoaktif doğal ürünler, son zamanlarda artmış glikoz taşıyıcı ekspresyonu ile hipoksik kanser hücrelerini hedeflemek için bir glikoz konjugatı olarak bildirilmiştir. 



Endojen inhibitörler

Omurgalılarda, gen promotörlerinin çoğu, çok sayıda CpG bölgesi olan bir CpG adası içerir. Bir genin promoter CpG bölgelerinin çoğu metillendiğinde, gen inhibe olur (susturulur). Kolorektal kanserler tipik olarak 3 ila 6 sürücü mutasyonuna ve 33 ila 66 otostopçu veya yolcu mutasyonuna sahiptir. Bununla birlikte, transkripsiyonel inhibisyon (susturma), kansere ilerlemede mutasyondan daha önemli olabilir. Örneğin, kolorektal kanserlerde yaklaşık 600 ila 800 gen, CpG ada metilasyonu ile transkripsiyonel olarak inhibe edilir (bkz. Kanserde transkripsiyon düzenlemesi). Kanserde transkripsiyonel baskı, mikroRNA'ların değiştirilmiş ekspresyonu gibi başka epigenetik mekanizmalarla da meydana gelebilir. Göğüs kanserinde, BRCA1'in transkripsiyonel baskılanması, BRCA1 promotörünün hipermetilasyonundan daha fazla eksprese edilen microRNA-182 tarafından daha sık meydana gelebilir. 





Transkripsiyon fabrikaları

Aktif transkripsiyon birimleri, transkripsiyon fabrikaları veya ökromatin adı verilen ayrı yerlerde çekirdekte kümelenir. Bu tür siteler, takılı polimerazların transkriptlerini etiketli öncülerde (Br-UTP veya Br-U) genişletmesine ve etiketli yeni RNA'yı immüno-etiketlemesine izin verilerek görselleştirilebilir. Transkripsiyon fabrikaları ayrıca floresan yerinde hibridizasyon kullanılarak lokalize edilebilir veya polimerazlara yönelik antikorlarla işaretlenebilir. Bir HeLa hücresinin nükleoplazmasında ~ 10.000 fabrika vardır, bunların arasında ~ 8.000 polimeraz II fabrikası ve ~ 2.000 polimeraz III fabrikası vardır. Her polimeraz II fabrikası, ~ 8 polimeraz içerir. Çoğu aktif transkripsiyon birimi sadece bir polimeraz ile ilişkili olduğundan, her fabrika genellikle ~ 8 farklı transkripsiyon ünitesi içerir. Bu birimler, faktör etrafında bir "bulut" oluşturan döngülerle, hızlandırıcılar ve / veya geliştiriciler yoluyla ilişkilendirilebilir. 





Tarih

Genetik materyalin bir protein olarak gerçekleştirilmesine izin veren bir molekül ilk olarak François Jacob ve Jacques Monod tarafından hipotezlendi. Severo Ochoa, RNA'yı in vitro olarak polinükleotid fosforilaz ile sentezlemek için genetik kodu kırmak için yararlı olan bir süreç geliştirdiği için 1959'da Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü kazandı. RNA polimeraz ile RNA sentezi in vitro olarak birkaç laboratuar tarafından 1965 yılında kurulmuştur; ancak, bu enzimler tarafından sentezlenen RNA, transkripsiyonu doğru bir şekilde sonlandırmak için gerekli ek bir faktörün varlığını öneren özelliklere sahipti. 

1972'de Walter Fiers, sonlandırıcı enzimin varlığını gerçekten kanıtlayan ilk kişi oldu.

Roger D. Kornberg, "ökaryotik transkripsiyonun moleküler temeli konusundaki çalışmaları nedeniyle" 2006 Nobel Kimya Ödülü'nü kazandı. 





image_transcoder.php?o=bx_froala_image&h=1068&dpx=2&t=1607254152 

Ribozomal RNA'nın transkripsiyonunun elektron mikrografı. Oluşan ribozomal RNA iplikleri, ana DNA ipliğinden dallar olarak görülebilir. 




Ölçme ve tespit etme

  • G-Less Kaset transkripsiyon testi: promoter gücünü ölçer
  • Run-off transkripsiyon testi: transkripsiyon başlangıç sitelerini (TSS) tanımlar
  • Nükleer çalışma testi: yeni oluşturulan transkriptlerin göreceli bolluğunu ölçer
  • KAS-seq: RNA polimerazlar tarafından üretilen tek sarmallı DNA'yı ölçer; 1.000 hücre ile çalışabilir.
  • RNase koruma testi ve RNAP'ın ChIP-Chip'i: aktif transkripsiyon sitelerini tespit edin
  • RT-PCR: toplam veya nükleer RNA seviyelerinin mutlak bolluğunu ölçer, ancak bu, transkripsiyon oranlarından farklı olabilir
  • DNA mikrodizileri: küresel toplam veya nükleer RNA seviyelerinin göreli bolluğunu ölçer; ancak, bunlar transkripsiyon oranlarından farklı olabilir
  • Yerinde hibridizasyon: bir transkriptin varlığını tespit eder
  • MS2 etiketleme: MS2 gibi RNA kök döngülerini bir gene dahil ederek, bunlar yeni sentezlenen RNA'ya dahil edilir. Sap ilmekleri daha sonra, MS2 sap ilmekleriyle yüksek afiniteli, sekansa özgü etkileşime sahip olan GFP ve MS2 kaplama proteininin bir füzyonu kullanılarak tespit edilebilir. GFP'nin transkripsiyon bölgesine alımı, tek bir floresan nokta olarak görselleştirilir. Bu yeni yaklaşım, transkripsiyonun kesintili patlamalar veya darbeler halinde meydana geldiğini ortaya çıkarmıştır (bkz. Transkripsiyonel patlama). Yerinde tekniklerin dikkate değer istisnası dışında, diğer yöntemlerin çoğu hücre popülasyonu ortalamaları sağlar ve genlerin bu temel özelliğini saptayamaz.
  • Northern blot: geleneksel yöntem ve en nicel olan RNA-Seq'in ortaya çıkmasına kadar
  • RNA-Seq: Tüm transkriptomları sıralamak için yeni nesil sıralama tekniklerini uygular, bu da göreceli RNA bolluğunun ölçülmesine ve ayrıca füzyon genleri, transkripsiyon sonrası düzenlemeler ve yeni ekleme bölgeleri gibi ek varyasyonların tespitine izin verir
  • Tek hücreli RNA-Seq: izole edilmiş hücrelerden kısmi transkriptomları büyütüp okur, dokularda, embriyolarda ve kanserlerde RNA'nın ayrıntılı analizlerine izin verir 




image_transcoder.php?o=bx_froala_image&h=1070&dpx=2&t=1607254400

Ters transkripsiyon şeması 



Ters transkripsiyon

Bazı virüsler (AIDS'in nedeni olan HIV gibi) RNA'yı DNA'ya kopyalama yeteneğine sahiptir. HIV, DNA'ya ters kopyalanan bir RNA genomuna sahiptir. Elde edilen DNA, konakçı hücrenin DNA genomu ile birleştirilebilir. Bir RNA şablonundan DNA sentezinden sorumlu ana enzime ters transkriptaz denir.

HIV durumunda, ters transkriptaz, tamamlayıcı bir DNA zincirinin (cDNA) viral RNA genomuna sentezlenmesinden sorumludur. Enzim ribonükleaz H daha sonra RNA sarmalını sindirir ve ters transkriptaz çift sarmallı bir DNA yapısı ("cDNA") oluşturmak için tamamlayıcı bir DNA sarmalını sentezler. CDNA, konakçı hücrenin genomuna, konakçı hücrenin yeni viral partiküller halinde yeniden bir araya gelen viral proteinler üretmesine neden olan enzim integrazı tarafından entegre edilir. HIV'de, bunun ardından, konakçı hücre programlanmış hücre ölümüne veya T hücrelerinin apoptozuna maruz kalır. Bununla birlikte, diğer retrovirüslerde, virüs hücre dışına çıkarken konakçı hücre bozulmadan kalır.

Bazı ökaryotik hücreler, telomeraz adı verilen ters transkripsiyon aktivitesine sahip bir enzim içerir. Telomeraz, doğrusal kromozomların uçlarını uzatan ters bir transkriptazdır. Telomeraz, tekrar eden bir DNA dizisini veya "hurda" DNA'yı sentezlediği bir RNA şablonu taşır. Bu tekrarlanan DNA dizisine telomer denir ve bir kromozom için "başlık" olarak düşünülebilir. Bu önemlidir çünkü doğrusal bir kromozom her kopyalanışında kısaltılır. Kromozomların uçlarındaki bu "hurda" DNA veya "başlık" ile, kısaltma, kromozom ucundan daha uzakta olan protein kodlayan DNA dizisinden ziyade, gerekli olmayan, tekrarlanan dizilerin bir kısmını ortadan kaldırır.

Telomeraz, kanser hücrelerinde, önemli protein kodlayan DNA dizisini kaybetmeden genomlarını süresiz olarak kopyalamalarını sağlamak için sıklıkla aktive edilir. Telomerazın aktivasyonu, kanser hücrelerinin ölümsüz olmasına izin veren sürecin bir parçası olabilir. Telomeraza bağlı telomer uzatma yoluyla kanserin ölümsüzleştirici faktörünün, in vivo tüm kanserojen tümörlerin% 90'ında, kalan% 10'unun ise ALT veya Telomerlerin Alternatif Uzatma adı verilen alternatif bir telomer bakım yolu kullanılarak meydana geldiği kanıtlanmıştır. 



REFERANSLAR 

  1.  Eldra P. Solomon, Linda R. Berg, Diana W. Martin. Biology, 8th Edition, International Student Edition. Thomson Brooks/Cole. ISBN 978-0495317142
  2. ^ Koonin EV, Gorbalenya AE, Chumakov KM (July 1989). "Tentative identification of RNA-dependent RNA polymerases of dsRNA viruses and their relationship to positive strand RNA viral polymerases". FEBS Letters. 252 (1–2): 42–6. doi:10.1016/0014-5793(89)80886-5. PMID 2759231. S2CID 36482110.
  3. ^ "DNA Strands". www.sci.sdsu.edu. Archived from the original on 27 October 2017. Retrieved 1 May 2018.
  4. ^ Berg J, Tymoczko JL, Stryer L (2006). Biochemistry (6th ed.). San Francisco: W. H. Freeman. ISBN 0-7167-8724-5.
  5. ^ Jump up to:a b c d e f g Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann AA, Levine M, Losick RM (2013). Molecular Biology of the Gene (7th ed.). Pearson.
  6. ^ Roeder, Robert G. (1991). "The complexities of eukaryotic transcription initiation: regulation of preinitiation complex assembly". Trends in Biochemical Sciences. 16 (11): 402–408. doi:10.1016/0968-0004(91)90164-Q. ISSN 0968-0004. PMID 1776168.
  7. ^ Goldman SR, Ebright RH, Nickels BE (May 2009). "Direct detection of abortive RNA transcripts in vivo". Science. 324(5929): 927–8. Bibcode:2009Sci...324..927G. doi:10.1126/science.1169237. PMC 2718712. PMID 19443781.
  8. ^ Revyakin A, Liu C, Ebright RH, Strick TR (November 2006). "Abortive initiation and productive initiation by RNA polymerase involve DNA scrunching". Science. 314 (5802): 1139–43. Bibcode:2006Sci...314.1139R. doi:10.1126/science.1131398. PMC 2754787. PMID 17110577.
  9. ^ Raffaelle M, Kanin EI, Vogt J, Burgess RR, Ansari AZ (November 2005). "Holoenzyme switching and stochastic release of sigma factors from RNA polymerase in vivo". Molecular Cell. 20 (3): 357–66. doi:10.1016/j.molcel.2005.10.011. PMID 16285918.
  10. ^ Mandal SS, Chu C, Wada T, Handa H, Shatkin AJ, Reinberg D (May 2004). "Functional interactions of RNA-capping enzyme with factors that positively and negatively regulate promoter escape by RNA polymerase II". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (20): 7572–7. Bibcode:2004PNAS..101.7572M. doi:10.1073/pnas.0401493101. PMC 419647. PMID 15136722.
  11. ^ Goodrich JA, Tjian R (April 1994). "Transcription factors IIE and IIH and ATP hydrolysis direct promoter clearance by RNA polymerase II". Cell. 77 (1): 145–56. doi:10.1016/0092-8674(94)90242-9. PMID 8156590. S2CID 24602504.
  12. ^ Milo, Ron; Philips, Rob. "Cell Biology by the Numbers: What is faster, transcription or translation?". book.bionumbers.org. Archived from the original on 20 April 2017. Retrieved 8 March 2017.
  13. ^ Hodges C, Bintu L, Lubkowska L, Kashlev M, Bustamante C (July 2009). "Nucleosomal fluctuations govern the transcription dynamics of RNA polymerase II". Science. 325 (5940): 626–8. Bibcode:2009Sci...325..626H. doi:10.1126/science.1172926. PMC 2775800. PMID 19644123.
  14. ^ Jump up to:a b Fitz V, Shin J, Ehrlich C, Farnung L, Cramer P, Zaburdaev V, Grill SW (2016). "Nucleosomal arrangement affects single-molecule transcription dynamics". Proceedings of the National Academy of Sciences. 113 (45): 12733–12738. doi:10.1073/pnas.1602764113. PMC 5111697. PMID 27791062.
  15. ^ Richardson JP (September 2002). "Rho-dependent termination and ATPases in transcript termination". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Structure and Expression. 1577 (2): 251–260. doi:10.1016/S0167-4781(02)00456-6. PMID 12213656.
  16. ^ Lykke-Andersen S, Jensen TH (October 2007). "Overlapping pathways dictate termination of RNA polymerase II transcription". Biochimie. 89 (10): 1177–82. doi:10.1016/j.biochi.2007.05.007. PMID 17629387.
  17. ^ Cramer, P.; Armache, K.-J.; Baumli, S.; Benkert, S.; Brueckner, F.; Buchen, C.; Damsma, G.E.; Dengl, S.; Geiger, S.R.; Jasiak, A.J.; Jawhari, A. (June 2008). "Structure of Eukaryotic RNA Polymerases". Annual Review of Biophysics. 37 (1): 337–352. doi:10.1146/annurev.biophys.37.032807.130008. ISSN 1936-122X.
  18. ^ 8-Hydroxyquinoline info from SIGMA-ALDRICH. Retrieved Feb 2012
  19. ^ Datan E, Minn I, Peng X, He QL, Ahn H, Yu B, Pomper MG, Liu JO (2020). "A Glucose-Triptolide Conjugate Selectively Targets Cancer Cells under Hypoxia". iScience. 23 (9). doi:10.1016/j.isci.2020.101536. PMID 33083765.
  20. ^ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (January 2006). "A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (5): 1412–7. Bibcode:2006PNAS..103.1412S. doi:10.1073/pnas.0510310103. PMC 1345710. PMID 16432200.
  21. ^ Bird A (January 2002). "DNA methylation patterns and epigenetic memory". Genes & Development. 16 (1): 6–21. doi:10.1101/gad.947102. PMID 11782440.
  22. ^ Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu VE, Zhou S, Diaz LA, Kinzler KW (March 2013). "Cancer genome landscapes". Science. 339 (6127): 1546–58. Bibcode:2013Sci...339.1546V. doi:10.1126/science.1235122. PMC 3749880. PMID 23539594.
  23. ^ Tessitore A, Cicciarelli G, Del Vecchio F, Gaggiano A, Verzella D, Fischietti M, Vecchiotti D, Capece D, Zazzeroni F, Alesse E (2014). "MicroRNAs in the DNA Damage/Repair Network and Cancer". International Journal of Genomics. 2014: 820248. doi:10.1155/2014/820248. PMC 3926391. PMID 24616890.
  24. ^ Papantonis A, Kohro T, Baboo S, Larkin JD, Deng B, Short P, Tsutsumi S, Taylor S, Kanki Y, Kobayashi M, Li G, Poh HM, Ruan X, Aburatani H, Ruan Y, Kodama T, Wada Y, Cook PR (November 2012). "TNFα signals through specialized factories where responsive coding and miRNA genes are transcribed". The EMBO Journal. 31 (23): 4404–14. CiteSeerX 10.1.1.919.1919. doi:10.1038/emboj.2012.288. PMC 3512387. PMID 23103767.
  25. ^ "Chemistry 2006". Nobel Foundation. Archived from the original on March 15, 2007. Retrieved March 29, 2007.
  26. ^ Wu, T (April 2020). "Kethoxal-assisted single-stranded DNA sequencing captures global transcription dynamics and enhancer activity in situ". Nature Methods. 17 (5): 515–523. doi:10.1038/s41592-020-0797-9. S2CID 214810294.
  27. ^ Raj A, van Oudenaarden A (October 2008). "Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences". Cell. 135 (2): 216–26. doi:10.1016/j.cell.2008.09.050. PMC 3118044. PMID 18957198.
  28. ^ Kolesnikova IN (2000). "Some patterns of apoptosis mechanism during HIV-infection". Dissertation (in Russian). Archived from the original on July 10, 2011. Retrieved February 20, 2011.
  29. ^ Cesare AJ, Reddel RR (May 2010). "Alternative lengthening of telomeres: models, mechanisms and implications". Nature Reviews Genetics. 11 (5): 319–30. doi:10.1038/nrg2763. PMID 20351727. S2CID 19224032. 



KAYNAK https://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_(biology)


0 0 0 0 0 0
  • 1722
  • Daha Fazla

Hekim.Net

Close